رياست و مديريت مؤسسه از سوى رهبر معظم انقلاب به عهده حكيم و فيلسوف فرزانه حضرت آيت‌الله محمدتقى مصباح يزدى(دام‌عزه) مى‌باشد.در منزلت ومراتب علمى ومعنوى ايشان، همين بس كه به سخنان ولى‌امر مسلمين جهان حضرت آيت‌الله خامنه‌اى درباره ايشان توجه كنيم كه فرمودند: بنده نزديك به چهل سال است كه جناب آقاى مصباح را مى‌شناسم و به ايشان به عنوان يك فقيه، فيلسوف، متفكر و صاحب‌نظر در مسايل اساسى اسلام ارادت قلبى دارم. اگر خداى متعال به نسل كنونى ما، اين توفيق را نداد كه از شخصيت‌هايى مانند علامه طباطبايى وشهيد مطهرى استفاده كند، اما به لطف خدا اين شخصيت عزيز و عظيم‌القدر (آيت‌الله مصباح)، خلاء آن عزيزان را در زمان ما پر كرده است.